本校前身為佛教慈航中學，是一所政府資助的文法中學。原校校舍位於西環山道七十號，自一九七七年九月開辦。創校時蒙沙田慈航淨院為秉承智林法師辦學遺志，慨捐開辦及設備費用。基於校舍設備日漸不敷應用及為應付大埔學位需求，本校於一九八九年九月開始分兩年遷往大埔現校址。新校落成，更蒙慈航淨院再行慨捐巨款港幣一百萬元正以助本校發展之需。為紀念慈航淨院樹人之德及智林法師之弘深悲願，本校更名「佛教慈航智林紀念中學」以示思慕之情。一九九一年八月底，遷校過程全部完成，學校設備更見完備。

本校鄰近太和火車站，佔地廣闊，交通方便。校舍壯麗巍峨，環境清幽，設備完善。除擁有標準課室二十七間及禮堂一座外，尚設有寬敞之特別室十五間，包括：物理實驗室、生物實驗室、化學實驗室、綜合科學實驗室、電腦室、家政室、縫紉室、美術室、金工室、木工室、地理室、音樂室、圖書館、多媒體學習中心及語言活動中心等。同時更有廣闊的有蓋操場、學生活動室及其他適合各類活動的運動場和廣大的開放場地，供同學休憩及享用。本校亦蒙優質教育基金撥款設立家長資源中心，供家長聚會及研習之用；體適能健身室，供師生強身健體的訓練之用。